Počiatky hĺbenia šachty Alžbeta nie sú známe. Podľa lokalizácie (v okolí šachty na žile Špitaler sa nachádzali bohaté rudné stĺpy) možno predpokladať, že zahĺbenie šachty sa uskutočnilo minimálne v 16. storočí.
Vtedy v tejto banskej oblasti podnikalo významné Brennerovo ťažiarstvo. Pravdepodobne v roku 1753 sa nad šachtou postavilo jedno z prvých reverzných vodných kolies. Toto vodné koleso malo na jednej strane hriadeľa ťažný lanový bubon a na druhej strane kľuku, na ktorú sa napájali šachtové piestové čerpadlá. Ojnica sa na kľuku pripájala len pri čerpaní banskej vody. Posledné prehĺbenie šachty sa uskutočnilo v polovici 19. storočia s cieľom dosiahnuť úroveň v tom čase razenej dedičnej štôlne cisára Jozefa II. a prepojenie s týmto významným odvodňovacím banským dielom. Konečná hĺbka šachty bola 440 m a sprístupnila 11 obzorov. Na zvislú dopravu sa nad šachtou postavil konský ťažný gápeľ. V roku 1738 tu barón Jozef Emanuel Fischer z Erlachu prvýkrát v banskoštiavnickom rudnom revíre nahradil valcový ťažný bubon v gápli za kužeľový. Tým sa znížil počet priahaných koní z troch párov na dva. Ťažba rúbaniny sa najprv vykonávala v kožených vakoch, neskôr (podobne ako v blízkej šachte Ondrej), sa použili okovy. Koncom 19. storočia mali erárne bane v oblasti Banskej Štiavnice pre ťažbu rudy vystrojenú len šachtu Žigmund. Doprava rudy ku šachte Žigmund bola zdĺhavá a nákladná, preto sa rozhodlo, že v šachte Žigmund sa bude vyťahovať len ruda do žily Ján a šachta Alžbeta bude zabezpečovať ťažbu zo žily Špitaler. Nakoľko v tom čase existujúci konský ťažný gápeľ na šachte Alžbeta by to kapacitne nezvládol, bol v roku 1898 daný do prevádzky aj vodnostĺpcový ťažný stroj, na ktorý plán vypracoval strojný inšpektor Eugen Broszman. Stroj mal výkon 30 k (koní) a poháňala ho voda z Ottergrundskej nádrže. Ťažená ruda šachtou sa následne dopravovala na povrch prekopom Svätotrojičného obzoru po koľajniciach s konským záprahom. Dňa 17. júna 1919 v dôsledku rozsiahleho požiaru vznikli na povrchu šachty značné škody. Aj to ovplyvnilo rozhodnutie o likvidácii tohto banského závodu a demontáži gápľa. Organizačne šachta patrila pod banský závod Štôlňa Pacher v Banskej Štiavnici.
