Presná história štôlne Cherubín nie je známa. Podľa charakteru a prepojenosti štôlne s Mohr šachtou, na ktorú je orientovaná priamym prekopom, možno toto banské dielo datovať do obdobia 17. storočia.

Chodby - štôlne sa rozdeľujú na prekopové (po šachtu Mohr) a sledné (chodby po žile Terézia). Prekopová časť má dĺžku 406 m a celý tento úsek sa nachádza v horninách spodnej stratovulkanickej stavby. V tejto časti chodby od ústia bola najprv prerazená žila Jozef, následne žila Bieber a na konci prekopu v mieste prepojenia so šachtou Mohr aj žila Terézia. Ešte koncom 20. storočia chodby štôlne Cherubín boli odvetrávané od povrchu šachtou Mohr, ktorá mala obdĺžnikový prierez a podľa jej hladkých bokov bola razená ručne, pomocou kladivka a želiezka. V úrovni štôlne Cherubín v menšom rozsahu boli realizované aj sledné chodby, najmä na žile Terézia, menej na žile Bieber.

Pôvodné ústie štôlne Cherubín sa nachádzalo v blízkosti historického centra Banskej Štiavnice oproti rodinnému sídlu významného ťažiara Baumgartnera. Počas výstavby školských budov (tzv. Centrálky) koncom 19. storočia bolo okolie ústia štôlne zrekultivované a následne zastavané. Pôvodný kamenný portál štôlne bol neskôr prekrytý betónovou stavbou so záchytom vody, nad ktorým bola vďaka dostatku vody v štôlni postavená páková ručná vodná pumpa.